Os endoscópios flexíveis, que não penetram em cavidades naturalmente estéreis (gastroendoscópios, colonoscópios e etc), são considerados instrumentos médicos semicríticos e requerem uma desinfecção de alto nível, com um produto bactericida, microbicida, virucida, tuberculocida. (isto é, contra bactérias, micróbios em geral, vírus, bacilo da tuberculose). As recomendações atuais inclui a imersão dos endoscópios em uma solução de glutaraldeido . Na temperatura ambiente ele inativa o vírus da imunodeficiência humana (HIV) e o vírus da hepatite B, em menos de 5 minutos. Outros vírus, como o da hepatite C, requerem pelo menos 20 minutos.

Para lavarmos os endoscópios, fazemos inicialmente uma limpeza manual e em seguida colocamos numa reprocessadora automática que é uma máquina para limpeza com detergente enzimático e a desinfecção de alto nível com solução de glutaraldeído.

O processo automático tem a vantagem de reduzir o risco de contaminação de doenças e de exposição aos produtos de desinfecção para os membros da equipe, promoção efetiva da limpeza e desinfecção dos lumens endoscópicos e a certeza de um processo efetivo.

Os ciclos limpeza-desinfecção das lavadoras incluem todas as fases do tratamento: teste de vazamento, limpeza detergente, enxágue, desinfecção, enxágue final, e secagem. As quantidades dos produtos circulando nos diferentes estágios são monitorados automaticamente, usando-se alarmes e instrumentos de interrupção.

No final dos ciclos, é emitido um comprovante, da hora e data que o aparelho entrou na máquina e quando saiu, além do nome do operador que acompanhou o processo, número do endoscópio usado para o exame, número do prontuário do paciente, e os processos realizados para maior segurança do paciente.